Detecção de Vírus em Águas Ambientais de Florianópolis 2023
Pesquisa de vírus entéricos em surto de gastroenterite – Florianópolis-SC 2023 |
Vigilância Epidemiológica Ambiental Integrativa
Referência: Ação de Extensão integrante do projeto – Vigilância Epidemiológica Ambiental Integrativa – VigEAI – LVA-MIP-CCB-UFSC
Parceiros: Laboratório de Ficologia – CCB – UFSC
O objetivo: Realizar análises de vírus entéricos em amostras ambientais – águas salobras e marinha por meio de concentração viral usando floculação orgânica, seguido de testes moleculares.
AMOSTRAGEM E METODOLOGIA
Um total de 10 amostras ambientais (praia e foz de rio) foram coletadas e processadas para busca da presença de Rotavírus-A, Norovírus Humano e Vírus da Hepatite A.
Pontos amostrados em Florianópolis – SC.
Ponto1: Mar – Foz do Rio Sangradouro
Ponto 2: Mar – Ribeirão da Ilha
P3: Rio Campeche
P4: Lagoa da Conceição – Osni Ortiga
P5: Mar – Barra da Lagoa
P6: Mar – Foz Rio Capivari
P7: Mar – Foz do Rio do Brás
P8: Mar – Santo Antônio de Lisboa
P9: Mar – Foz Rio Itacorubi
P10: Mar – Central Beira Mar Norte
Resumidamente: As amostras foram recebidas nas dependências do Laboratório de Virologia Aplicada do MIP-CCB-UFSC e processadas para a concentração de partículas virais.
O RNA viral foi extraído dos concentrados usando o kit comercial.
O RNA viral foi detectado por método molecular baseado em RT-PCR em tempo real usando kit OneStep qPCR Quantinova (QIAGEN, Alemanha) e oligonucleotídeos e sonda previamente descritos para regiões virais específicas de HAV, RVA e HuNoV-GI de acordo com o descrito por Jothikumar tt Al. (2005), Zeng et Al. (2008) e Kageyama et Al. (2003), respectivamente.
– Controle interno Viral validado – Norovírus murino
– Método utilizado: RT-qPCR TaqMan usando sondas e iniciadores específicos para os alvos virais.
RESULTADOS:
Na Tabela 1 encontram-se as identificações amostrais e resultados obtidos para fins de comunicação à VISA/Florianópolis e divulgação epidemiológica.
Número da amostra / Codificação | Tipo de amostra (fezes, esgoto, água) | Data da Coleta (se tiver) | Norovírus – Genótipo I (HuNoV-GI) | Rotavírus – A (RVA) | Vírus da Hepatite A (HAV) |
Ponto1: Mar – Foz do Rio Sangradouro | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
Ponto 2: Mar – Ribeirão da Ilha | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
P3: Rio Campeche | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
P4: Lagoa da Conceição – Osni Ortiga | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
P5: Mar – Barra da Lagoa | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
P6: Mar – Foz Rio Capivari | Água | 16/01/2023 | Detectado (CT: 34) |
Não detectado | Não detectado |
P7: Mar – Foz do Rio do Brás | Água | 16/01/2023 | Detectado
(CT: 33) |
Não detectado | Não detectado |
P8: Mar – Santo Antônio de Lisboa | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
P9: Mar – Foz Rio Itacorubi | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
P10: Mar – Central Beira Mar Norte | Água | 16/01/2023 | Não detectado | Não detectado | Não detectado |
Resultados – Reconferido e confirmados em réplicas e duplicatas.
CT: Ciclo de amplificação